La temporada 1988/89 empezó con muchas dudas ya que a la baja de Carlos, que volvió al F. C. Barcelona para ser traspasado al Club Atlético de Madrid, se unió el hecho de los pocos refuerzos que tuvo la plantilla, siendo esta prácticamente la misma que la de la temporada anterior en Segunda División. Además, vinieron una serie de jugadores como los defensas Murúa y Sañudo, los delanteros Hicks y Carlos, cedido por el F. C. Barcelona, que junto con otros de la cantera como Viti, Vili, Berto, Luis Manuel, y otros fichados a otros equipos como Gorriarán, Juliá, Elcacho o Tomás, que fueron debutando durante esta larga etapa, conformaron un cuadro que no solo obtuvo brillantemente el ascenso dicha temporada sino que además lograron consolidar al club en Primera División en los siguientes años.